Thomas wuchs in Bochum auf. Er besuchte das Albert-Einstein-Gymnasium und erhielt dort 1990 sein Abitur. Von 1992 bis 1995 studierte er im Grundstudium Wirtschaftswissenschaften an der Ruhr-Universität Bochum und darauf aufbauend von 1995 bis 2000 Betriebswirtschaft an der Universität Dortmund. Als kaufmännischer Angestellter, Prokurist der IMMOMED Immobilien und Wohnservicegesellschaft mbH[2] und Ausbilder für Kaufleute in der Grundstücks- und Wohnungswirtschaft war er von 2000 bis 2005 tätig.
Thomas ist verheiratet und hat zwei Kinder. Er ist Mitglied der Gewerkschaft IG Metall.

Eiskirch ist seit 1988 Mitglied der SPD. Von 1991 bis 1999 war er stellvertretender Vorsitzender des SPD-Ortsvereins Bochum-Stiepel und von 1999 bis 2009 Vorsitzender des Stadtbezirks Bochum-Süd der SPD. Von 2001 bis 2009 war er Schatzmeister der Bochumer SPD und von 2009 bis 2015 deren Vorsitzender. Seit Ende 2006 ist er darüber hinaus Mitglied im Sprecherkreis der RuhrSPD, seit 2013 ist er ihr stellvertretender Sprecher. Von 2002 an bis 2012 war Thomas Eiskirch Mitglied des Landesparteirates der NRW-SPD, seit 2012 ist er Mitglied des Parteikonvents der SPD.

Seit dem 8. Juni 2005 war er Mitglied des Landtags Nordrhein-Westfalen als direkt gewählter Abgeordneter des Landtagswahlkreises Bochum II. Im Januar 2015 bestimmte der SPD-Stadtverband Thomas Eiskirch zum Kandidaten für die Wahlen zum Oberbürgermeister bei den Kommunalwahlen in Nordrhein-Westfalen 2015.[4] Bei den Stichwahlen zur Oberbürgermeisterwahl in Bochum konnte er sich mit 53,1 % der abgegebenen Stimmen bei einer Wahlbeteiligung von 32,9 % gegen Klaus Franz (CDU) durchsetzen. Nach seiner Wahl zum Oberbürgermeister schied er am 20. Oktober 2015 aus dem nordrhein-westfälischen Landtag aus.